Numerose sono le varietà di uva da vino che si ritrovano  nei vigneti pugliesi. Alcune hanno origini antichissime, altre sono di coltivazione relativamente più recente.
La Regione Puglia con la DELIBERAZIONE DELLA GIUNTA REGIONALE 28 luglio 2009, n. 1390  “Approvazione della lista dei vitigni Autoctoni o di antica coltivazione nella Regione Puglia (Scarica il PDF). Pubblicata sul BURP n.132 del 26/08/2009 ha elencato le principali varietà di vitigni autoctoni o di antica coltivazione della Regione Puglia, corredando per ciascuno una relazione tecnica a supporto di tale riconoscimento.

Principali varietà di uva da vino a bacca bianca:

Bianco d'Alessano

Chardonnay

Greco

Malvasia Bianco

Moscato Bianco

Trebbiano Toscano

Verdeca

Principali varietà di uva da vino a bacca rossa:

Aglianico

Bombino Nero

Cabernet Sauvignon

Merlot

Montepulciano

Negro Amaro

Pinot Nero

Primitivo

Sangiovese

Sirah

Uva di Troia